Introducción
La microbiota y las nuevas tecnologías de secuenciación masiva continúan consolidándose como herramientas prometedoras para el diagnóstico, pronóstico y tratamiento de enfermedades, especialmente en oncología y enfermedades infecciosas. No obstante, los expertos insisten en la necesidad de prudencia, validación clínica y estandarización metodológica antes de trasladar plenamente estos avances a la práctica asistencial.
Estas cuestiones centraron la mesa “Del estudio de la microbiota a la aplicación clínica real y la medicina personalizada”, celebrada en el marco del XXIX Congreso Nacional de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica, desarrollado en Bilbao del 28 al 30 de mayo y que reunió a más de 2.000 especialistas.
El doctor Sergio Serrano, del servicio de Enfermedades Infecciosas del Hospital Universitario Ramón y Cajal de Madrid, destacó el enorme potencial de la microbiota como fuente de biomarcadores frente al cáncer, aunque pidió cautela ante el creciente interés social y científico.
La microbiota
“Tenemos que ser cautos, pero los numerosos estudios que se están llevando a cabo nos indican el potencial de la microbiota para encontrar biomarcadores frente al cáncer. Existen muchas señales prometedoras, aunque todavía deben validarse”, explicó.
El especialista se refirió especialmente a la aplicación clínica de las denominadas huellas microbianas en oncología. A su juicio, el futuro pasa por aprovechar la microbiota como fuente de moléculas con potencial terapéutico más que por intervenciones globales sobre ella.
“Acabaremos explotando la microbiota como fuente de moléculas que puedan desarrollarse como fármacos, pero debemos evitar mensajes simplistas sobre ‘mejorar la microbiota para vivir mejor’; todavía estamos aprendiendo”, subrayó.
Biomarcadores
Los expertos coincidieron en que el microbioma desempeña un papel relevante en la biología tumoral, ya que produce metabolitos y regula la expresión de determinados genes. En este contexto, se investiga su utilidad para identificar biomarcadores capaces de predecir el desarrollo y la evolución del cáncer.
“Nos enfrentamos a una enorme brecha entre la investigación traslacional y la práctica clínica. Es imposible estar al día de todos los estudios básicos que buscan biomarcadores a partir del microbioma”, reconoció Serrano.
Las investigaciones actuales no se centran únicamente en el diagnóstico del cáncer colorrectal, sino también en la detección precoz de lesiones precancerosas, adenomas colónicos y en la predicción de recurrencias y respuestas terapéuticas.
En la misma línea, la doctora Carmen Muñoz-Almagro, investigadora del Hospital Sant Joan de Déu de Barcelona, defendió la solidez científica de los estudios actuales, aunque también apeló a la prudencia.
“Disponemos de tecnologías de secuenciación masiva relativamente recientes que han abierto una ventana enorme de información que aún debemos procesar e interpretar. Existen indicios muy interesantes sobre microbioma y cáncer, pero todavía queda mucho por conocer”, afirmó.
A la clínica
La especialista, investigadora del CIBER de Epidemiología y Salud Pública y catedrática de Medicina, insistió en que la relación entre microbiota y cáncer es ya incuestionable desde el punto de vista biológico.
“Los microorganismos de nuestro interior están relacionados con la biología del cáncer. Era lógico pensar que, si gran parte de nuestras células son microbios vivos y funcionales, tendrían impacto sobre nuestra salud y enfermedad. En cáncer existe ya mucha evidencia”, sostuvo.
Sin embargo, el gran reto continúa siendo desarrollar biomarcadores robustos capaces de predecir qué pacientes desarrollarán la enfermedad o presentarán una evolución más agresiva.
Terapias avanzadas
Los investigadores también abordaron el potencial terapéutico de la microbiota. En la actualidad, el trasplante fecal ha demostrado eficacia especialmente en infecciones recurrentes por Clostridioides difficile, aunque los expertos consideran que podría abrirse camino en otras patologías, incluido el cáncer.
“Sabemos que determinados perfiles de microbiota más ricos y diversos podrían favorecer una mejor respuesta a la inmunoterapia, aunque todavía hablamos de indicios”, señaló Serrano.
En este sentido, los especialistas coincidieron en que las terapias avanzadas basadas en microbiota representan una de las líneas de investigación más prometedoras, aunque aún requieren una importante validación clínica.
Metagenómica y resistencia antimicrobiana
Otro de los ejes del encuentro fue el papel de la secuenciación masiva y la metagenómica en el diagnóstico microbiológico y en la lucha frente a la resistencia a los antimicrobianos.
La doctora María de Toro, del Centro de Investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR) y Fundación Rioja Salud, destacó la necesidad urgente de desarrollar la bioinformática clínica como una especialidad estructurada.
“Necesitamos bioinformáticos especializados y procesos estandarizados. La secuenciación masiva está transformando el estudio de los patógenos porque los métodos clásicos son lentos y limitados”, explicó.
Según detalló, el microbioma actúa como modulador de la resistencia antimicrobiana y aporta un contexto biológico que hasta ahora permanecía oculto.
La experta alertó también sobre los sesgos inherentes a la metagenómica. “La potencia diagnóstica aumenta, pero también lo hacen los sesgos estructurales que se propagan durante el ensamblaje, el binning/agrupamiento o la anotación taxonómica”, señaló.
Por ello, insistió en la necesidad de validar los procedimientos, conocer sus limitaciones y comunicar adecuadamente los sesgos en el camino hacia la medicina personalizada.
“Lo importante no es pensar que existe un análisis neutral, sino conocer los sesgos, cuantificarlos y comunicarlos”, afirmó.
Diagnóstico microbiológico
El profesor Xavier López Labrador, investigador en Virología y Salud Pública de FISABIO y docente del Instituto de Salud Carlos III, analizó el impacto de la metagenómica clínica diagnóstica y los desafíos regulatorios derivados de la normativa europea IVDR.
“La metagenómica permite secuenciar simultáneamente todo el ADN y ARN de una muestra sin necesidad de saber previamente qué estamos buscando. Puede detectar virus, bacterias, hongos o parásitos mediante un único ensayo”, explicó.
El experto destacó que esta tecnología resulta especialmente útil en casos complejos o difíciles de diagnosticar, aunque reconoció que el flujo de trabajo continúa siendo altamente complejo y dependiente de herramientas bioinformáticas avanzadas.
Muñoz-Almagro recordó que gran parte de las enfermedades infecciosas siguen sin diagnosticarse con los métodos tradicionales. “El cultivo microbiológico, considerado el ‘gold standard’ desde principios del siglo XX, deja sin diagnosticar una gran cantidad de infecciones bacterianas y virales”, afirmó.
Por ello, valoró positivamente la capacidad de la metagenómica para transformar el diagnóstico clínico, aunque reconoció que el principal desafío futuro será interpretar los nuevos microorganismos detectados.
“Necesitaremos colaboración entre clínicos, microbiólogos, biólogos y bioinformáticos. Soy optimista. Cuando comenzó la PCR en los años 80 también existía escepticismo y hoy es una herramienta imprescindible”, recordó.
Desafíos regulatorios
En relación con la normativa europea IVDR, López Labrador explicó que las técnicas de alta complejidad como la secuenciación metagenómica requerirán nuevos modelos de validación y posibles exenciones regulatorias para instituciones sanitarias.
Entre las prioridades citó garantizar la seguridad del paciente, minimizar errores de identificación y validar hallazgos atípicos o agentes emergentes.
Asimismo, defendió la colaboración entre hospitales, grupos de investigación y sociedades científicas para compartir protocolos y reducir la carga regulatoria.
“Se trata de una tecnología extremadamente potente y novedosa, pero cuyo marco regulatorio todavía dificulta su implantación. Será necesaria una acción coordinada y apoyo institucional”, concluyó.
Los especialistas no han declarado conflictos de intereses sobre los temas tratados en la Jornada
Este contenido fue originalmente publicado en El Médico Interactivo, parte de la Red Profesional de Medscape.
Descargo de responsabilidad: Este artículo es informativo y no sustituye el consejo médico profesional. Siempre consulte a un médico o profesional de la salud calificado con cualquier pregunta que tenga sobre una afección médica.
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